К началу 1943 года, когда военная ситуация для «третьего рейха» резко изменилась, а люфтваффе несли тяжелые потери практически на всех фронтах, и верховное командование понимало, что высадка союзников в Европе – вопрос времени, стали рассматриваться даже самые необычные предложения противодействия грядущему десанту. Среди них была и концепция простого, дешевого самолета под пульсирующие двигатели Argus As 014, который предполагалось использовать в качестве «летающей береговой артиллерии», а в случае необходимости и в качестве истребителя.
Такой самолет, получивший обозначение Ме.328, явился результатом длительных работ по «проекту 1079», начатому еще в июле 1941 года. Целью работ было создание небольшого, носимого истребителя, а также носителя, системы запуска и возможной схемы посадки. Это была первая попытка использования на пилотируемом самолете пульсирующих двигателей. Проект создавался во взаимодействии с DFS и в конце концов был закончен в варианте Р.1079/17, которому в начале 1942 года Министерство Авиации присвоило обозначение Ме 328.
В этом варианте Ме.328 планировалось использовать в качестве истребителя эскорта, буксируемого за Не.177 или Ме.264 с помощью жесткого буксира. Истребитель должен был запускаться при приближении перехватчиков противника. После боя пилот должен был уводить самолет на свою территорию и выбрасываться с парашютом. Такое предложение было сделано Техническому департаменту 31.03.1942. При этом предлагались шесть вариантов:

Ко времени начала проектных работ в марте 1943 года упор был сделан на простоту и быстроту производства самолета. В мастерских DFS начались работы над тремя самолетами. Они имели деревянное крыло, фюзеляж с обшивкой из стального листа и оперение от Bf.109. Серийный самолет должен был иметь цельнодеревянную конструкцию, а трудозатраты при этом оценивались 4200 чел.-час. В аэродинамической трубе в Аугсбурге проводились интенсивные продувки с целью определения наиболее оптимального расположения двигателей. Первоначально их планировалось установить на пилоне по бокам фюзеляжа за крылом, так чтобы выхлопная труба выходила за хвостовое оперение. Hо вскоре от этого отказались, так как вибрация при работе пульсирующих двигателей слишком сильно воздействовала на деревянную конструкцию хвостовой части. Двигатели было решено установить под крылом с использованием взрывных болтов, чтобы сбросить их в случае необходимости.
Двигатели постоянно «таскали» по крылу от самого корня до половины размаха, они то выступали далеко за переднюю кромку крыла, то наоборот сдвигались где-то до трети хорды.
Пока шел выбор наиболее благоприятного расположения двигателей, на «Jackob Sweier Segelflugzeugbau» построили еще семь планеров. Они имели различную конструкцию фюзеляжа и предназначались для аэродинамических и статических испытаний. Построенный на DFS Ме.328-V1 был укреплен на спине Do.217E (JT+FL). Hа самолете было установлено измерительное оборудование, и осенью-зимой 1943 года в Хершинге под Линцем проводились испытательные полеты с начала только на спине носителя, а потом и с отцепкой. Ме.328-V1 сбрасывался на высотах от 3000 до 6000 м, и, хотя управляемость посчитали не очень удовлетворительной, учитывая задачи Ме.328, ее сочли достаточной.
Еще до испытания опытных образцов носимый истребитель Ме.328А окончательно уступил место истребителю-бомбардировщику Ме.328В больше похожему на пилотируемую ракету, предназначенную для поражения защищенных целей и кораблей. Защитой от перехвата была бы высокая скорость на малой высоте. Пилот должен был направить самолет на цель, отцепить заднюю часть фюзеляжа и выброситься с парашютом.
Для летных испытаний Ме.328 с пульсирующими двигателями он был оснащен взлетной тележкой, прикрепленной к посадочной лыже и сбрасываемой в момент ее уборки. Ме.328 был поднят на буксире за Do.217E на высоту 3000 м и отцепился. Первые полеты были, мягко говоря, неудовлетворительными. В некоторых случаях пульсирующие двигатели сбрасывались, два самолета были потеряны из-за разрушений, вызванных сильной вибрацией от двигателей. Проблему удалось смягчить, но не разрешить полностью. Хотя на «Jackob Sweier» уже заложили серию Ме.328В-0, прежде чем их успели закончить программа была прикрыта.
Ме.328В-0 имел деревянный фюзеляж круглого сечения с максимальным диаметром 1,2 м. Два 500-л бака располагались в носовой части фюзеляжа, а еще два в хвостовой. Перед пилотом была 15-мм бронеперегородка, использовалось и 80-мм бронестекло. Приборное оборудование было минимальным. Фонарь кабины открывался направо. Объем кабины не позволял установить катапультируемое сиденье, но с помощью взрывных болтов можно было сбросить хвостовую часть фюзеляжа, что обеспечивало безопасное покидание самолета. В носовой части были установлены резаки тросов аэростатов заграждения. Под фюзеляжем была убираемая посадочная лыжа. В качестве амортизатора использовалась часть стойки от FW.200C. Задняя часть посадочной лыжи была подрезана, чтобы обеспечить место для подвески бомбы. Бомба крепилась к лыже, а при ее уборки вся нагрузка от бомбы передавалась на конструкцию планера. Посадить самолет можно было только после сброса бомбы.
Крылья имели деревянную конструкцию и закрылки с вырезом в районе установки двигателей. Закрылки могли отклоняться на 50°. Вдоль всего размаха шли резаки тросов аэростатов заграждения. За двигателями были предкрылки. Пульсирующие двигатели Argus As.014 крепились на амортизированных узлах. Hижняя плоскость крыла в районе двигателя была обшита асбестом. Топливо подавалось электронасосом, питаемым с начала от аккумулятора, а потом от ветрогенераторов.
Предлагались различные способы старта: от катапульты Madelung KL.12 и «ракетного вагона» конструкции Borsieg, до трехколесной стартовой тележки конструкции Липпиша в сочетании с тросовой лебедкой или на буксире за самолетом. Кроме того пульсирующие двигатели тягой 300 кгс в последствии планировалось заменить на двигатели тягой 400 кгс.
В конце лета 1944 года предлагалось несколько вариантов Me.328, включая самолет-истребитель для подводной лодки с парой пушек MG.151/20 с 200 снарядами на ствол и либо двумя двигателями тягой 300 кгс, либо с четырьмя тягой 150 кгс, включая тактический разведчик с четырьмя 300-кгс двигателями и скоростью 920 км/час, а даже вариант Me.328C с турбореактивным двигателем Jumo-004B, установленным в задней части фюзеляжа, вместе с крыльевыми пульсирующими двигателями.
Когда неприемлемость использования пульсирующих двигателей на пилотируемом самолете стала очевидна, было предложено использовать Ме.328 без двигателей в качестве пилотируемой бомбы в составе 5./KG 200. Эта часть получила название  «Leonidas Staffel». Ме.328 планировалось доставлять к цели обычным бомбардировщиком. После сброса планера и его нацеливания пилот выбрасывался с парашютом. Скорость атаки варировалась от 250 км/час до 710 км/час. Hо в конце концов решили остановиться на FW.190 с крупнокалиберной бомбой, а все работы по Ме.328 были прекращены.