После девяти месяцев боев в Китае от высших офицеров морской авиации стали поступать требования создания дальнего эскортного истребителя, на основе чего морской штаб стал готовить задание на новый самолет. Причиной таких требований была своеобразная тактика, используемая китайцами – они отводили свою истребительную авиацию за радиус действия японских истребителей «морской тип 96» (Mitsubishi A5M), в результате чего, лишенные прикрытия бомбардировщики «тип 96» (Mitsubishi G3M) несли тяжелые потери. Hа основе этих требований весной 1938 года авиационное бюро морского штаба сформулировало требования 13-Shi, в целом списанные с французского двухмоторного истребителя Potez 63, только что поступившего на вооружение «Воздушной армии» Франции. После изучения мнения наиболее опытных пилотов 12-го кокутая и внесения в спецификации изменений, требования 13-Shi были направлены на Mitsubishi и Nakajima. Задание определяло трехместный двухмоторный истребитель, способный в первую очередь вести маневренный бой против одномоторных истребителей. Скорость задавалась 520 км/час, дальность полета – 2400 км при нормальном запасе топлива и 3700 км – при максимальном, вооружение предусматривалось в составе 20-мм пушки и 7,7-мм пулеметов, направленных вперед и на оборонительной установке – назад.
По этому заданию Кацудзи Hакамура спроектировал аэродинамически чистый низкоплан с рядом интересных особенностей. Для самолета были выбраны два двигателя воздушного охлаждения Nakajima «Sakae» мощностью 1130 л.с., но чтобы исключить отрицательный эффект реактивного момента винта, двигатели были двух модификаций  «Sakae-12» и «Sakae-22» с противоположным вращением винтов. Вооружение состояло из 20-мм пушки «тип 99 модель 1» и двух 7,7-мм пулеметов «тип 97» в носовой части и двух дистанционно управляемых башен с парой 7,7-мм пулеметов «тип 97» в каждой. Причем башни монтировались на фюзеляже тандемом уступом – сразу за кабиной пилотов. Управление пулеметными башнями, а также закрылками и уборка шасси, осуществлялись с помощью гидравлики.
Первый «опытный трехместный эскортный истребитель 13-Shi» (или коротко – J1N1) полетел в мае 1941 года. Для улучшения маневренности второй опытный самолет был оснащен закрылками, отклонявшимися на 20° при боевом маневрировании и на 40° при посадке. Были также установлены автоматические предкрылки. Оба самолета были переданы для официальных испытаний флоту в августе 1941 года.
Испытания оказались неудачными, так как самолет был в целом перетяжелен, возникли проблемы из-за противоположного вращения винтов и сложной гидравлической системы. Дистанционно управляемые башни оказались слишком тяжелыми, а их наведение на цель было неточным. Кроме того, на виражах на J1N1 наблюдалась сильная тряска элеронов. Маневренность была признана недостаточной, хотя для двухмоторного самолета была довольно высокой. Сравнение с одномоторным истребителем Mitsubishi А6М2 показало, что J1N1 уступает первому практически во всех аспектах за исключением дальности полета. В результате в октябре 1941 года флот решил отклонить дальний эскортный истребитель. Hо так как самолет практически не уступал А6М2 в скорости, Nakajima было предложено переделать несколько уже почти готовых машин в дальний скоростной разведчик берегового базирования.
При перепроектировании самолета особое внимание было уделено снижению веса и повышению надежности. Так, запас топлива был сокращен с 2270 л до 1700 л, а все вооружение, включая ненадежные башни, было снято. Также надежность эксплуатации самолета повысила замена двигателей с противоположным вращением винтов  «Sakae-21» и «Sakae-22», не имевших редукторов. Для сохранения дальности полета при сокращении запаса топлива была предусмотрена возможность подвески под центропланом двух 330-л дополнительных баков. Фюзеляж был перекомпонован. В носовой части фюзеляжа располагались пилот и стрелок-радист. В распоряжении последнего был 13-мм пулемет «тип 2» на подвижной установке в конце кабины. Штурман располагался в отдельной кабине за крылом.
Модифицированный самолет получил обозначение J1N1-С и успешно прошел летные испытания, в июле 1942 года, после чего был запущен в серию под обозначением «разведчик морской тип 2». Так как надобность в специализированном самолете была не такой настоятельной по сравнению с основными боевыми типами, то темпы производства были низкими – с апреля 1942 года по март 1943 года Nakajima поставила только 54 J1N1-С, включая опытные машины. Разведчик начал поступать в боевые части с осени 1942 года.
Впервые союзники увидели J1N1-С во время боев на Соломоновых островах, причем первоначально посчитали его истребителем и дали ему кодовое обозначение «Irwing» в то время, когда разведчики получали женские имена. Позже самолет был переименован в J1N1-R, причем небольшое число из них получили за кабиной пилота башню с 20-мм пушкой «тип 99 модель I». Весной 1943 года командир 251-го кокутая Ясино Козоно предложил установить пушки в фюзеляже самолета под углом к горизонту, переоборудовав тем самым разведчик в ночной истребитель. Обслуживающий персонал на аэродроме Рабаула вместо оборудования кабины штурмана установил две 20-мм пушки наклонно вверх под углом 30° и еще две – вниз.
Доработанный самолет получил обозначение J1N1-C KAI. Вскоре с его помощью были перехвачены и сбиты два бомбардировщика В-24 «Liberator», доказав тем самым пригодность идеи Козоно. Успех этого опыта вместе с осознанием необходимости в ночных истребителях заставили штаб флота выдать заказ Nakajima переключиться с разведчика на перехватчик.
Производство истребителя J1N1-S «Gekko» («лунный свет») «модель 11» началось на заводе в Коизуми августе 1943 года. Темпы производства сразу возросли c апреля 1943 года по март 1944 года было выпущено уже 181 J1N (в основном истребители) по сравнению с 54 за предыдущие 12 месяцев. До прекращения производства в декабре 1944 года было выпущено еще 240 самолетов Hовый J1N1-S получил вооружение по образцу J1N1-С KAI, но уступ за кабиной был сглажен и была изменена корневая часть киля. Боевой опыт показал неэффективность пушек, стреляющих вниз, и вскоре их перестали ставить. Такие машины назывались J1N1-Sa «Gekko» «модель 11А». Большинство J1N1-Sa и некоторые J1N1-S оснащались локатором с антенной в носу самолета, а несколько машин получили небольшой поисковый прожектор в носовой части. Иногда вместо локатора или прожектора в носовую часть ставилась 20-мм пушка «тип 99 модель 2». В боях «Gekko» показал себя довольно эффективным перехватчиком американских В-24, но из-за небольшой скорости редко мог совершить больше одной атаки по более современному В-29. Производство J1N было прекращено в декабре 1944 года. В конце войны большинство оставшихся «Gekko» и разведчиков J1N1-R было использовано в качестве самолетов-камикадзе с двумя 250-кг бомбами.