Вскоре после начала работы над опытным Hе.59 министерство обороны предложило Хейнкелю разработать новый двухместный разведывательный гидросамолет. Спецификации на него подготовили воздушный штаб и рейхсмарине. Самолет должен был запускаться с катапульты и использоваться в открытом море. В результате был создан одностоечный полутораплан смешанной конструкции с двигателем ВМW-VI-6,0ZU жидкостного охлаждения, мощностью 660 л.с. на взлете. Самолет получил обозначение Hе.60.
Первый опытный Hе.60A (D-2325) поступил ил летные испытания в начале 1933 года и показал отличные данные в воздухе и на воде. Бдинственной проблемой был большой вес планера, что при этом двигателе не позволяло поднять сколько-нибудь значительную боевую нагрузку. В результате второй опытный Hе.60В (D-IHOH) был оснащен 750-сильным ВМW-VI-7,3, но летные данные изменились столь незначительно, что воздушный штаб решил ставить на серийные Hе.60А предыдущий вариант двигателя. В Варнемюнде уже началась сборка 14 предсерийных самолетов.
За исключением двигателя, Hе.60В отличался от первого самолета еще в нескольких деталях.Элероны на верхнем и нижнем крыльях увеличили и сняли дополнительные стойки за основными N-образными. Увеличенные элероны были сохранены и на третьем опытном Hе.60С (D-IROL) и предсерийных Hе.60А, правда, вновь была установлена дополнительная стойка в коробке крыльев. Hе.60С был первым, оснащенным устройствами для запуска с катапульты. Он был поставлен для войсковых испытаний в Травемюнде в конце весны 1933 года. Почти сразу за ним последовали и два первых предсерийных гидросамолета серии А.
Первая программа строительства люфтваффе предусматривала поставку 81 Hе.60 с января 1934 года по 30.09.1935. К 01.03.1934 года немецкие коммерческие авиашколы получили 10 Hе.60А. К началу 1935 года их число возросло до 27. К этому времени уже были созданы учебная эскадрилья береговой авиации и школы морской авиации. В течение 1934 года Hе.60А был сменен в производстве на Hе.60В, имевший некоторые изменения в конструкции. Он, как и предыдущая модель, не пошел дальше установочной партии и в свою очередь был сменен в производстве на Hе.60С также лишь с незначительными отличиями. Первый и второй Hе.60С (D-ILRO и D-IXES) приступили к испытаниям в конце осени 1934 года. Самолет производился по лицензии со следующего года на Arado, а потом на «Weser Flugzeugbau».
Hе.60C сохранил двигатель ВМW-VI-6,0ZU с деревянным двухлопастным винтом фиксированною шага «Schwarz». 680-л топливный бак располагался под кабиной пилота. Фюзеляж овального сечения был сварен из стальных труб и нес тканевую обшивку. Крыло деревянное двухлонжеронное, так же обшито тканью. Однореданные поплавки цельнометаллической конструкции крепились к фюзеляжу параллельными стойками и V-образными подкосами к крылу. Оба члена экипажа размещались в открытых кабинах. В задней была предусмотрена установка одного пулемета МG.15 с 11 магазинами по 75 патронов.
В июле 1936 года на базе Hе.60C в составе групп береговой авиации были сформированы 1./Ku.Fl.Gr.106 на Листе, 1./Ku.Fl.Gr.206 в Hорденейе и 1./Ku.Fl.Gr.306 также в Hорденейе. К этому времени «Weser Flugzeugbau» переключилась на производство Hе.60D, отличавшегося новым радиооборудованием и добавленным синхронным пулеметом МG.17 с 1000 патронами. Hезадолго до прекращения производства Hе.60 испанские мятежники заказали поставку шести гидросамолетов. Hе.60E были посланы в Испанию, в состав «Легиона Кондор». Туда гидросамолеты прибыли в ноябре 1936 года. Их должны были передать флоту мятежников, но передача затянулась до апреля 1937 года. После поступления их на вооружение испанских фашистов, на их базе была сформирована Grupo 60.
Основной задачей Hе.60 было наблюдение за судоходством у Атлантического побережья и перехват судов, направлявшихся в контролируемые республиканцами порты на севере. Первоначально Hе.60E базировались в Кадисе, либо попеременно в Сеуте и Мелилье, а потом, в конце 1938 года были переведены в бухту Паленса на Майорке. Обычно Hе.60Е вылетали парой. Во время полетов над Атлантикой и Средиземным морем ими было обстреляно из пулеметов 35 судов и обнаружено еще 50, пытавшихся прорвать блокаду республиканских портов. Четыре оставшиеся после войны Hе.60 использовались еще до 1948 года.
В конце 1937 года эскадрильи с Hе.60 были переименованы. 1./Ku.Fl.Gr.106 стала 1./Ku.Fl.Gr.406, оставшись на Листе. 1./Ku.Fl.Gr.206 стала 1./Ku.Fl.Gr.106 на базе в Hорденейе, а 1./Ku.Fl.Gr.306 после переименования в 1./Ku.Fl.Gr.506 была переведена иэ Hорденейя в Дивенов. В апреле 1937 года была сформирована четвертая эскадрилья с Hе.60 в Киле – 1./Ku.Fl.Gr.406, в октябре переименованная в 1./Ku.Fl.Gr.706, и позже переведена в Камп. Одновременно на базе Hе.60 были сформированы две эскадрильи корабельных самолетов – 1-я и 5-я в 196-й группе корабельных самолетов. С октября 1937 года они базировались в Вильгельмсхафене и Киле. 1./Ku.Fl.Gr.506 в 1938 году ненадолго была перевооружена на Hе.114А-2, но вскоре вновь вернулась к Hе.60. Весной и летом 1939 года обе эскадрильи приступили к перевооружению с Hе.60 на Аr.196А-1, а к началу боевых действий 1./Ku.Fl.Gr.106 была перевооружена на Hе.115А-1.
К началу сентября 1939 года береговая авиация имела на Северном море 54 (в том числе 45 боеспособных) Hе.60 и еще 27 (21 боеспособных) на Балтике. Hесмотря на отличные мореходные данные, низкие летные характеристики и слабое вооружение Hе.60 делали их очень уязвимыми. Сразу после начала войны самолет стали постепенно снимать с вооружения эскадрилий ближней разведки. К началу 1940 года их практически полностью заменили. Тем не менее в середине 1941 года Hе.60 снова появился в составе авиагрупп морских разведчиков, например, в SAGr.125, 126 и 127.
Так SAGr.125 в составе воздушного командования «Ostsee» в 1-м воздушном флоте, участвуя во вторжении в Советский Союз, имела Hе.60 и Hе.114C-1 в своей 1-й эскадрилье. Группа действовала над Балтикой, Латвией, Эстонией и Финским заливом, но в конце года была переформирована. В течение 1942 года 1-я эскадрилья SAGr.126 применяла Hе.60 вместе с Fokker Т.VIII-W над Средиземным и Эгейским морями, но последние свои боевые вылеты Hе.60 совершил в составе SAGr.127. Эта группа первоначально имела Hе.60 в составе всех трех эскадрилий вместе с Аr.95, а потом и с Hs.126, действуя в составе 1-го воздушного флота над побережьем Финского залива. Между июнем и октябрем 1943 года только 3./SAGr.127 использовала Hе.60, после чего этот гидросамолет был окончательно снят с вооружения.
Всего за время серийного производства Hе.60 на Arado и Weser каждая выпустила по 100 самолетов, но, несмотря на очень прочную конструкцию и хорошие мореходные качества, мощности двигателя явно не хватало. В результате любые попытки расширить круг решаемых задач терпели неудачу. В 1935 году один из планеров серии В (D-IPZI) был оснащен двигателем DB600А, обеспечивающим гораздо большую тяговооруженность, что заметно улучшило летные данные. Впрочем, проблемы с поставкой DB600 не позволили переоснастить остальные машины. В результате, несмотря на наличие подходящего двигателя. Hе.60 был довольно скоро снят с производства и вооружения.