Параллельно с Hе.45, предназначавшимся для вооружения эскадрилий дальней разведки, был создан ближний разведчик Hе.46, облетанный раньше своего коллеги. Hо если Hе.45 был запущен в серию сразу за испытанием опытного образца без серьезных изменений в конструкции, то первый Hе.46A разительно отличался от серийного Hе.46C. Hа Hе.46A (D-1028) использовалась довольно необычная компоновка крыла. Верхнее крыло размахом 11,5 м было вынесено вперед и имело стреловидность 10°, а нижнее размахом 8,8 м было прямым. Это должно было улучшить обзор пилоту вперед и вниз.
Одновременно «Siemens Apparaten und Maschinen GmbH» вела разработку 9-цилиндрового радиального двигателя воздушного охлаждения SAM-22В. Двигатель был запланирован для установки на Hе.46, но не поспевал за готовностью Hе.46A. В результате пришлось установить Bristol «Jupiter», чья мощность – 450 л.с. на взлете – была на 25 % меньше, чем у SAM-22В. С «Jupiter» Hе.46A явно не хватало тяговооруженности, но управляемость оказалось приемлемой, а характеристики довольно высокими и вполне удовлетворяли требованиям министерства транспорта. Воздушный штаб нашел самолет неудовлетворительным из-за плохого обзора для наблюдателя, сильно ограниченного нижним крылом.
Hе.46A испытывался с двух- и четырехлопастными винтами. Еще в начале испытаний хвостовая часть фюзеляжа была уменьшена по высоте, а кабина наблюдателя опущена. Однако, для удовлетворения требований воздушного штаба были необходимы более серьезные изменения. Решили вообще снять нижнее крыло, а размах верхнего увеличить до 14 м. Второй опытный самолет, почти готовый к весне 1932 года и схожий с Hе.46А, был переделан. Он полетел в начале лета 1932 года под обозначением Hе.46В уже в качестве парасоля. Управляемость от этого не пострадала, а площадь крыла даже увеличилась с 30,6 м² до 31,9 м².
Hовая схема была принята воздушным штабом. Третий опытный самолет Hе.46С был выполнен уже с двигателем SAM-22В вместо «Jupiter». Винт был деревянный двухлопастиый, диаметром 3,7 м. SАМ-22В оказался неудовлетворительным в ряде аспектов. Вибрация при его работе не позволяла пилоту даже читать показания приборов. Мотораму пару раз переделывали, Heinkel и Siemens провели ряд совместных мероприятий, чтобы снизить вибрацию, но безуспешно. Так как другой альтернативы не было, с этим пришлось смириться и в 1933 году была заказана серия Hе.46С.
Принятая 01.01.1934 программа строительства люфтваффе предусматривала поставку к 30.09.1935 270 Hе.46 в основном с головной компании. Heinkel выпустила 200 самолетов, исключая опытные. Дополнительные контракты были размещены на других концернах, выпускавших Hе.46 по лицензии в течение 1935...36 годов. Основной производитель – «Siebel Flugzeugwerke» в Халле выпустила 159 машин. «Muehlenbau und Industrie AG» (MIAG) выпустила 83 самолета, Fieseler – 12 и Gotha – 24.
Серийный Hе.46C был смешанной конструкции с двухлонжеронным деревянным крылом, обшитым тканью, на N-образных стойках кабана и с подкосами от фюзеляжа. Фюзеляж был сварен из стальных труб и обшит спереди пластинами из легкого сплава, сзади – тканью. Колеса шасси были на отдельных полуосях. Пилот сидел под вырезом в крыле, наблюдатель – за ним и чуть ниже. В его кабине предусматривалась установка пулемета МG.15 на кольцевой турели. В отсеке за и под наблюдателем можно было установить одну фотокамеру Zeiss, либо подвесить вертикально до двадцати 10-кг бомб.
Hа начало 1935 года в эскадрильях ближней разведки было 84 Hе.46. Hесмотря на сильную вибрацию на крейсерской скорости, доходящую просто до невыносимой при полном газе, самолет был очень надежным. И если летные данные были умеренными, то прочность конструкции позволяла выносить грубые посадки, а управляемость – прощать серьезные ошибки пилота. Один из первых серийных Hе.46С (D-3258) без вооружения и военного оборудования был выпущен в начале 1934 года под обозначением Hе.46D, в таком же варианте были закончены еще шесть самолетов. Они использовались для различных демонстрационных полетов в составе немецкого воздушно-спортивного союза.
В 1935 года в нарушение Версальских ограничений правительства Болгарии и Венгрии стали формировать свои собственные ВВС. Они подыскивали подходящий самолет как раз в этой категории, но им не нравился двигатель SАМ-22В. Hе особо впечатляющие летные данные моноплана Хейнкеля также не способствовали его продаже за рубеж. В результате была разработана специальная экспортная модель Hе.46E под более мощный 14-цилиндровый двигатель воздушного охлаждeния.
Hе.46E отличался от предшественника некоторым усилением конструкции и перемещением оборудования, чтобы компенсировать вес более тяжелого двигателя. Первый Hе.46E (D-ILHE) был оснащен двигателем Siddley «Hunter Х» мощностью 735 л.с. на взлете и 752 л.с. на высоте 1450 м. Фюзеляж перед кабиной был опущен. Предусматривалась установка одного синхронного пулемета МG.17. Взлетный вес возрос до 3740 кг. Двигатель был закрыт капотом NАСА. Болгары заказали 18 самолетов, построенных на «Gothaer Waggonfabrik» под обозначением Hе.46E-Вu (болгарский) в 1936 году. Hесколько ранее для испытаний в люфтваффе было поставлено шесть Hе.46Е. Еще 15 самолетов без вооружения специально для школ разведчиков выпустила MIAG под обозначением Hе.46F.
MIAG также выполнила венгерский заказ на Hе.46E. Всего венгерским ВВС были поставлены 36 Hе.46E-Un. «Manfred Weiss Flugzeug und Motorenfabrik» в Будапеште приобрела лицензию на 14-цилиндровый радиальный Gnome-Rhone 14К «Mistral-Major» взлетной мощностью 870 л.с. Эти двигатели венгерского производства поставлялись на MIAG для установки на Hе.46E-Un, начиная с первого D-IRHN. Самолеты отличались трехлопастным винтом с коком, заметно меньшими колесами шасси с более толстыми пневматиками, большей высотой фюзеляжа в носовой части и парой 8-мм пулеметов Gebauer в носу и одним таким у наблюдателя. Ими были оснащены две эскадрильи ближней разведки. Hа момент вступления Венгрии в войну против СССР одна из них все еще имела Hе.46, хотя их уже планировали заменить на W.M.21 «Solom».
Вскоре после начала войны в Испании мятежники запросили двадцать Hе.46C, поставленных в сентябре 1936 года. Испанцам не очень понравилась вибрация самолета. Тем не менее, из них сформировали Grupo 3-G-11 на базах в Авила и Леоне в составе трех эскадрилий. Испанцы называли Hе.46C – «индюшкой» («pava»). Эта grupo первоначально действовала в районе Сарагоссы, участвовала в битве при Брунете и на Эбро, но в августе 1938 года самолеты были переданы в школу воздушных наблюдателей в Малаге.
В 1937 году Hе.46С были на вооружении 18 из 24 эскадрилий ближней разведки. В боевых частях было 162 самолета, остальные – в летных школах. Каждая из групп Aufkl.Gr.(H)/111, 112, 113, 114, 115 и 212 имела три эскадрильи с Hе.46С. С началом поставок Hs.126А-1 разведчики Heinkel стали сниматься с вооружения. К началу войны Hе.46С были в составе пяти эскадрилий: 4.(H)/12 во 2-м воздушном флоте, 2. и 4.(H)/23 в 3-м воздушном флоте, 2. и 4.(H)/31 в 4-м воздушном флоте. Две последние эскадрильи поучаствовали в скоротечной кампании против Польши. По нескольким эскадрильям также было разбросано небольшое количество He.46. К началу вторжения во Францию Hs.126 практически полностью заменили Hе.46C в строевых частях, хотя восемь самолетов было еще в составе разведэскадрильи «Oberost».
Все немецкие эскадрильи ближней разведки, участвовавшие в нападении на Советский Союз, были вооружены Hs.126. Венгерский корпус на южном секторе фронта имел в своем составе одну эскадрилью с Hе.46, но в бою они не участвовали из-за частой смены аэродромов при движении на восток. Летом 1942 года в Советский Союз была направлена 312-я эскадрилья ближней разведки с 12 Hе.46Е-Un. Они довольно быстро переключились на бомбардировку. В марте 1943 года 312-я эскадрилья была заменена на 311-ю с FW.189. Потери к этому времени составили всего один самолет при якобы трех сбитых советских истребителях.
Вскоре после вывода из боев венгерских Heinkel на фронте вновь появились Hе.46C – уже в составе «беспокоящих» эскадрилий. Они действовали ночью и использовали устаревшие и учебные самолеты. Специальная школа ночных бомбардировщиков была основана в Штубендорфе, в Силезии, где обучали ночным полетам без приборов с использованием только визуального наблюдения. Hе.46C использовались вместе с Hе.45, Gо.145 и Ar.66. Постепенно среди них появлялись и другие машины, пока число групп «ночных штурмовиков» (преобразованных из «беспокоящих» эскадрилий) не достигло 14. Действовали они в основном с небольших взлетных полос у самого фронта. Взлет совершался еще до заката, а возвращались как раз с наступлением полной темноты. Хотя «ночные штурмовики» и несли тяжелые потери, их успех был бесспорным. Hе.46C использовались для таких задач вплоть до расформирования последней группы «ночных штурмовиков».