Под тактико-технические требования (1934) французского Министерства авиации на новый одноместный истребитель компания Morane-Saulnier спроектировала низкоплан MS.405. Эта машина впервые поднявшаяся в воздух 08.08.1935, имела цельнометаллическую силовую конструкцию, убирающиеся главные опоры шасси с хвостовым костылем и была оснащена V-образным 12-цилиндровым двигателем Hispano-Suiza 12Ygrs мощностью 860 л.с.
Опытные экземпляры M.S.405-01 и M.S.405-02 были использованы для официальных испытаний, последний из них имел новую форму крыла в плане и двигатель Hispano-Suiza 12Ycrs. В начале 1937 года компания получила заказ на 15 предсерийных машин M.S.405 и на один новый вариант – MS.406. Последовавший заказ на 50 экземпляров M.S.405 позднее был изменен в пользу такого же количества машин M.S.406, а общий выпуск самолетов – 17 штук, включая опытные образцы, половина из которых – для исследовательских целей. Обозначение M.S.406C-1 применялось к серийному варианту, заказанному в марте 1938 года в количестве 1000 машин. Изготовление такого количества истребителей оказалось невыполнимым на производственных мощностях компании Morane-Saulnier и было распределено среди предприятий национализированной промышленности.
Первый серийный самолет поднялся в воздух 29.01.1939. В целом подобный опытному образцу M.S.405, вариант M.S.406 отличался прежде всего облегченной конструкцией, двигателем Hispano-Suiza 12Y-31 в качестве стандартного, мелкими усовершенствованиями и изменениями в оборудовании. Между тем компания Morane-Saulnier была занята дальнейшей разработкой самолета M.S.406 и выполняла экспортные заказы. Они включали 12 машин для Китая, 30 самолетов для Финляндии, 13 машин для Литвы, 45 машин для Турции и 20 для Югославии. Польша заказала 160 самолетов. Швейцария приобрела два ранних самолета M.S.406 в качестве образцов для лицензионного производства 82 истребителей EFW D-3800 на авиационном заводе «Eidgenossischen Flugzeugwerk». Совместно с компанией «Dornier Werke AG» в Альтенрейне этот правительственный завод построил 207 экземпляров швейцарской модификации D-3801. Последними иностранными вариантами были самолеты M.S.406, которые после германской оккупации были распределены французским правительством Виши между хорватскими и финскими Военно-воздушными силами. На большинстве финских самолетов были впоследствии установлены двигатели Климова М-105Р мощностью 1100 л.с., которые были захвачены в Советском Союзе. Такие истребители с улучшенными летными характеристиками были известны как «Mоrkо Moraani».
Проблемы с поставками двигателей Hispano-Suiza 12Y привели к тому, что к началу Второй мировой войны только 572 машины из запланированных 1000 были поставлены в Военно-воздушные силы Франции, к тому же очень быстро обнаружилось, что самолет по всем показателям уступает германскому истребителю Messerschmitt Bf.109E. Эскадрильи M.S.406 сбили 175 вражеских самолетов, но это было достигнуто ценой потерь более 400 собственных машин. К моменту капитуляции Франции была поставлена 1081 машина (часть из них для военно-морской авиации). После заключенного перемирия только одна группа Военно-воздушных сил правительства Виши летала на самолетах этого типа.