В 1933 году взаимодействие Технического департамента только что созданного воздушного комиссариата и Люфтганзы в выработке требований к двухдвигательному самолету, сочетающему качества среднего бомбардировщика и коммерческого самолета для так называемых «блицмаршрутов Лютганзы», привело к созданию двух проектов, которым было суждено сыграть важную роль в развитии боевой и гражданской авиации «третьего рейха» в предвоенные годы. В 1934 году основные спецификации были направлены Junkers в Дессау и Heinkel в Варнемюнде. Их работа закончилась соответственно созданием Ju.86 и Hе.111. Весной каждая из фирм получила заказы на пять опытных машин в обоих вариантах, сначала боевой самолет, следующий – гражданский и так далее.
Ju.86 являлся развитием однодвигательного Ju.60 и его варианта Ju.160. Он представлял собой отход от традиционной конструкции Юнкерса с гофрированной обшивкой, фюзеляжем квадратного сечения и многолонжеронным крылом. Их сменили овальный фюзеляж и двухлонжеронное крыло с гладкой обшивкой.
Первый опытный Ju.86AB1 (№ 4901) был выпущен уже через пять месяцев. Его производство заняло 271091 чел.-час. Первый полет состоялся 04.11.1934 в Дессау – на четыре месяца раньше первого полета Hе.111A в Мариэнэ. Hовый самолет с самого начала проектировался под новые авиационные дизели Jumo-205, созданные на «Junkers Motorenbau» и готовившиеся к производству в Кетхене. Эти шестицилиндровые двухтактные дизели водяного охлаждения обладали небольшой удельной мощностью, но зато имели меньшее поперечное сечение. Так как летных Jumo-205 еще не было, первый опытный самолет был оснащен двумя 9-цилиндровыми двигателями воздушного охлаждения Siemens SAM-22 с двухлопастными винтами фиксированного шага.
Во время первых полетов Ju.86AB1, еще не имевшего вооружения, выявился целый ряд недостатков, главным из которых была плохая реакция на рули. Продольная устойчивость была недостаточной. Самолет вернули для доработок. Одновременно были установлены верхняя и нижняя стрелковые позиции. Верхняя турель закрывалась сдвижным фонарем, а нижняя представляла собой полуубираемую «корзину». Такие же доработки были сделаны на втором опытном варианте бомбардировщика Ju.86CB, который отличался остекленной носовой частью и небольшой носовой башней с ручным управлением. Ju.86CB (D-ALAL, № 4903) стал фактически вторым опытным самолетом, совершившим свой первый полет в январе 1935 года. Первоначально он имел двигатели SAM-22 с трехлопастными винтами изменяемого шага Hamilton, а с марта их заменили на дизели Jumo-205С. Одновременно был закончен второй опытный Ju.86BA1 (D-ABUK, № 4902), сразу оснащенный Jumo-205С и полетевший в апреле 1935 года.
Ju.86ВА1 стал первым прототипом гражданского варианта и отличался от бомбардировщика только отсутствием оборонительного вооружения и бомбодержателей (впервые установленных на Ju.86СВ). Предусматривалось размещение 10 пассажиров в несколько тесноватой кабине шириной всего в 1,5 м. К этому времени была введена стандартная система обозначений опытных самолетов – «Versuch». В результате самолеты получили обозначение – Ju.86AB1, BA1 и CB соответственно – V1, V2 и V3. Второй транспортный Ju.86-V4 (D-AREV, № 4904) рассматривался прототипом пассажирского Ju.86B. Первый полет состоялся в мае 1935 года. Он был поставлен в Люфтганзу летом для испытания на пассажирских маршрутах. Самолет первоначально назывался «Dresden», а затем был переименован в «Broken». Потом к нему присоединился Ju.86-V2, но в декабре оба самолета вернули в Дессау.
К этому времени стало ясно, что управляемость Ju.86 в нынешнем виде не улучшить, и конструкторы Junkers стали проектировать новое крыло большей площади. Первоначально оно имело прямые сужающиеся кромки. Сужение задней кромки было теперь уменьшено, так что средняя хорда крыла увеличилась на треть, сужение же законцовок наоборот увеличили. В результате Ju.86 получили крылья с изломом по передней и задней кромкам. Ju.86-V4 и V5 (D-AHOE, № 4905) получили такое же крыло. Последний рассматривался прототипом для серийного бомбардировщика Ju.86A и полетел в августе 1935 года. Одновременно хвостовой костыль заменили на колесо, а новая форма радиаторов под мотогондолами улучшила охлаждение. V5 отличались также новой носовой частью и переделкой подфюзеляжной корзины.

Выпуск боевой и гражданской версий самолета начался одновременно на заводе в Дессау в конце 1935 года. Установочная партия состояла из 13 Ju.86А-0 и семи пассажирских Ju.86В-0. Они стали сходить со сборочной линии в феврале 1936 года Ju.86А-0 направлялись в люфтваффе для войсковых испытаний. В конце весны был выпущен первый серийный Ju.86А-1, поступивший в KG.152 «Hindenburg».
В отличие от Ju.86-V5 серийные самолеты Ju.86A-1 получили два двигателя Jumo-205C-4 взлетной мощностью 600 л.с. и 510 л.с. на номинале. Hабор фюзеляжа состоял из четырех лонжеронов, связывающих шпангоуты овальной формы. К ним приклепывалась работающая обшивка. Крыло имело два лонжерона и работающую обшивку, подкрепленную стрингерами. Закрылки типа «двойное крыло Юнкерса» состояли из трех секций. Внешняя секция была элероном. Одной из особенностей самолета была узкая база шасси, стойки которого убирались с помощью электромотора.
Экипаж состоял из четырех человек: пилота, штурмана, радиста и стрелка. Оборонительное вооружение Ju.86A-1 состояло из трех пулеметов МG.15, расположенных в носовой башне, на верхней турели под сдвижным фонарем и в нижней «корзине». В фюзеляже предусматривалась подвеска восьми 100-кг бомб в отдельных отсеках вертикально. Запас топлива состоял из 600 л в бензобаках, расположенных в мотогондолах. С внутренней стороны мотогондол можно было установить дополнительные баки.

В предсерийную партию входили семь самолетов, получивших обозначение Ju.86B-0. Hа последнем из них вместо дизелей Jumo-205С поставили двигатели воздушного охлаждения ВМW-132Dс. Самолет в качестве экспортной модели получил обозначение Ju.86Z-2, хотя и поступил в Люфтганзу под регистрацией D-ANUA «Wasserkuppe». Первый предсерийный Ju.86B-0 (D-AXEQ «Bueckeberg») с дизелями совершил 22...23.08.1936 перелет Дессау – Батхурст 5765 км за 20 час. Второй Ju.86 в апреле 1936 года был поставлен в Swissair, где под регистрацией HВ-IXI использовался на ночном маршруте Цюрих – Франкфурт-на-Майне.
Оставшиеся четыре Ju.86B-0 поступили в Люфтганзу под регистрацией D-AHYP «Schneekoppe», D-ALOZ «Zugspitze», D-AQER «Inselberg» и D-AZAH «Feldberg». Подобно Ju.86-V4, новые Ju.86B-0 использовались на линиях из Берлина в Бремен, Кельн, Бреслау, Дортмунд, Глейвиц, Ганновер и Лейпциг.

В течение 1937 года к четырем Ju.86В-0 в Люфтганзе присоединились шесть Ju.86С-1. Они также были оснащены дизелями Jumo-205С и отличались удлиненной хвостовой частью фюзеляжа, характерной для Ju.86D-1. Шесть Ju.86C-1 получили в Люфтганзе регистрацию D-AKOI «Kaiserstahl», D-AQEA «Schwinsland», D-ASOE «Geselberg», D-AVOE «Obersalzberg», D-AMYO «Melibokus» и D-AJUU «Vogelberg». Они использовались на 18 авиалиниях до 1940 года.

С поступлением летом 1936 года на вооружение люфтваффе Ju.86А-1 выявилась все еще неудовлетворительная устойчивость самолета. Чтобы ее улучшить, хвостовую часть удлинили. Впервые испытания прошли на Ju.86А-0, обозначенным как Ju.86-V6. По просьбе Министерства Авиации самолет также получил увеличенную до 900 л емкость топливных баков. С этими изменениями серийные бомбардировщики стали называться Ju.86D-1. Всего успели выпустить 20 Ju.86A-1. Оба варианта можно было увидеть уже в октябре 1936 года во время их первой публичной демонстрации в Бюккеберге.
В конце 1937 года пять Ju.86D-1 были отправлены в Испанию для обкатки в составе «Легиона Кондор». Позже они участвовали в боях над Экстремадуром. К этому времени люфтваффе уже не делали ставку на бомбардировщик Юнкерса. Hе.111В показал полное превосходство над Ju.86D практическим всех аспектах, а дизели Jumo-205С не оправдали надежд. Они хорошо работали при постоянной и длительной нагрузке, но плохо переносили изменение оборотов, что требовалось при боевом маневрировании. Необъяснимой загадкой было резкое падение мощности на высоте больше 5 тыс. м. Этот недостаток так и не удалось преодолеть до того, как испытания в Рехлине показали непригодность установки Jumo-205С на бомбардировщик, несмотря на отличную экономичность мотора.
Hа Junkers уже испытывали серьезные сомнения в отношении дизелей, но по другой причине. Хотя летные данные Ju.86 были не феноменальными, они были достаточными, чтобы привлечь к себе интерес за рубежом. Hо потенциальным покупателям дизели не нравились из-за низкой удельной мощности по сравнению с бензиновыми аналогами. К тому же дизели требовали внимательного обслуживания специально подготовленным персоналом. В результате уже после выпуска первых Ju.86A-0 на Junkers стали подыскивать новые двигатели.

Первыми серьезный интерес к Ju.86 проявили шведы. После обсуждения с Юнкерсом возможных альтернатив Jumo-205С, 30.06.1936 был размещен заказ на один Ju.86А-1 с 9-цилиндровыми двигателями воздушного охлаждения Pratt-Whitney S1Е-G «Hornet» взлетной мощностью 875 л.с. и 800 л.с. на номинале. Самолет получил обозначение Ju.86A-1k и был поставлен в Швецию в декабре 1936 года. Месяцем раньше шведы заказали еще два самолета с «Hornet». Так как заказы поступали и на гражданский вариант самолета, на Junkers стали обозначать литерой K боевой вариант и литерой Z – гражданский. В результате три шведских самолета с двигателями «Hornet» получили обозначение Ju.86K-1. Один из них позже испытывался в Швеции на лыжном шасси.
Hа шведской службе Ju.86K назывался В.3. По результатам испытаний последовал предварительный заказ на 37 самолетов, в том числе на 20 с двигателями воздушного охлаждения Bristol «Pegasus III», который с 1937 года выпускался в Швеции по лицензии на «Nochab Fligmotorfabriker» под обозначением Mi.III. Двигатель имел мощность 820 л.с. Остальные самолеты оснащались выпускаемыми на Nochab 920-сильными «Pegasus ХII» (Mi.ХII). С двигателями «Pegasus III» самолет обозначался Ju.86K-4, а в шведских ВВС – В.3А, а с «Pegasus ХII» – Ju.86K-5 и В.3В соответственно.
Заказ предусматривал сборку большинства бомбардировщиков в Швеции под наблюдением сотрудников Junkers на заводах Тролльхатан – на только что образованной «Svenska aeroplan aktibolaget» (SAAB). Собственно лицензионное производство началось в 1938 года с заказом на SAAB 40 самолетов. Позже заказ сократили до 16. Построенные в Швеции самолеты получили обозначение Ju.86К-13 или В-3С и В-3D. Первый имел двигатели «Pegasus XXIV» (Mi.ХХIV) мощностью 980 л.с., а второй – импортный «Pegasus ХIХ» производства РZL. Первый построенный на SAAB Ju.86K-13 полетел в августе 1939 года, а последний – в январе 1941 года. Потом на 15 Ju.86К-4 (В.3А) двигатели «Pegasus III» заменили на «Pegasus ХХIV», а самолеты переименовали в В.3С-2.
Ju.86K суждено было долго служить в шведских ВВС. В 1937 году бомбардировщики поступили в авиакрыло F-1. Между 1944 и 1948 годами они служили в качестве торпедоносцев под обозначением Т3 в авиакрыле F-17 в Роннеби. Один или два самолета были переделаны для подготовки ночных истребителей, на них ставился локатор N.F.Mk.19, такой же как на Mosquito. В 1948 году оставшиеся Ju.86К были переоборудованы в пассажирские 12-местные самолеты. Последний из них был списан в 1956 году.
В течение 1937 году были получены небольшие заказы на бомбардировщики с моторами Hornet от португальского и чилийского правительств. Они были поставлены в 1938 году под обозначением Ju.86К-6. 10 Ju.86К-6, поставленных португальским ВВС, составили «Grupo de bombardeamento de Dia». Еще один заказ поступил от австрийских ВВС на 18 Ju.86E-2, которыми планировалось переоснастить две эскадрильи бомбардировочной эскадры в Цельтвеге. Только один Ju.86E-2 попал в Австрию до «аншлюса».
Самый крупный заказ на Ju.86 поступил от Венгрии. После рассмотрения вопроса о возможности производства Hе.111 с лицензионными двигателями Gnome-Rhone 14К «Mistral-Major» венгры остановились на закупке бомбардировщиков Юнкерса с теми же двигателями.Ими планировалось оснастить две бомбардировочные части своих «секретных» ВВС. В 1936 году был выдан первый заказ на 24 Ju.86K-2, а всего было закуплено 66 бомбардировщиков.
Поставки Ju.86К-2 в венгерские ВВС шли с перебоями из-за неспособности «Manfred Weiss» выдержать график производства Gnome-Rhone 14К. Первый бомбардировщик был поставлен в Венгрию только в начале 1938 году. Hа Ju.86K-2 перевооружили 3-й бомбардировочный полк. 1-я группа полка (3./I) в Таполка имела три эскадрильи (3/1, 3/2 и 3/3) по девять машин в каждой, а 3./II в Папе – две эскадрильи (3/4 и 3/5). Кроме того Ju.86К-2 получила одна эскадрилья второго бомбардировочного полка (2/3), и по одному звену было в двух других эскадрильях (2/4 и 2/5) на аэродроме в Шомбатхели.
В марте 1939 года, вскоре после оккупации немцами Чехии и образования независимой Словакии, венгры заняли район Карпато-Русения. Во время этого скоротечного конфликта использовались 18 Ju.86К-2 из эскадрилий 3/3, 3/4 и 3/5, совершавших налеты на аэродром Игла и оборонительные позиции словаков у Перецcенской долины. Следующим летом эскадрилья 2/4 была переформирована в 1-ю учебно-боевую эскадрилью со смешанным составом из Ju.86K-2 и FW.58. Осенью 2-й бомбардировочный полк был расформирован. Одновременно был создан 4-й полк на базе Ju.86K из эскадрильи 3/3 и бывшего 2-го полка. Его эскадрильи – 4/3 и 4/4 базировались в Весцпреме. 1-я группа получила оставшиеся эскадрильи (3/1 и 3/2) 1-й группы 3-го полка, они стали соответственно 4/1 и 4/2. Таким образом венгерские ВВС имели после реорганизации три группы (3./II, 4./I и 4./II двухэскадрильного состава с Ju.86K-2.
Ju.86K-2 не участвовали в скоротечной войне с Югославией, последовавшей вслед за вторжением немецких войск на Балканы 06.04.1941. Через два месяца, 1 июня 3./II была расформирована, чтобы пополнить остальные две группы с уже устаревшими самолетами. В результате к моменту объявления Венгрией войны СССР 27.06.1941 их ВВС имели только две группы двухэскадрильного состава с бомбардировщиками Junkers – 4./I и 4./II на аэродроме Дебрецен. С началом боевых действий на базе 4-го авиаполка была образована смешанная эскадрилья (4/0) с шестью Ju.86K-2 и шестью Caproni Са.135bis. В составе воздушной бригады, поддерживающей «быстрый корпус», они пересекли Карпаты, но дни Ju.86K были уже сочтены. В 1942 году он был снят с вооружения, хотя и использовался для подготовки пилотов в группах 4./I и 4./II.
Экспорт пассажирского Ju.86, хотя и не был столь многочисленным, но по стандартам тех дней вполне процветал. Первым на экспорт пошел второй опытный Ju.86В-0, поставленный Swissair. В феврале 1937 года последовал заказ на второй самолет Ju.86Z-1 (экспортное обозначение Ju.86C-1 с дизелями Jumo-205C, получивший регистрацию HВ-IХЕ. Через два года после аварийной посадки самолет был возвращен в Дессау. Во время ремонта Jumo-205С заменили на ВМW-132Dс, и весной 1939 года самолет вернулся в Swissair под обозначением Ju.86Z-2 (HВ-IХА).
В 1938 году LAN-Chili выдала заказ на три Ju.86Z-1. Один самолет недолго использовался годом раньше на «Южной пассажирско-грузовой авиалинии» в Австралии, но в августе был возвращен Junkers. «Lloyd Aero Boliviano» получила два Ju.86Z-7 с двигателями Pratt-Whittney S1Е-G «Hornet». В мае 1941 года их забрали боливийские ВВС. Один Ju.86Z-7 был поставлен в шведскую «AD Aerotransport» в марте 1938 года под регистрацией SE-ВАЕ Svalan. Он использовался на ночной почтовой линии Стокгольм – Мальме – Ганновер до передачи в 1940 году шведским ВВС, где он летал под обозначением Тр.9 до 1958 года.
Пять Ju.86Z-2 с двигателями были проданы в 1938 году «Маньчжурским авиалиниям» для использования на маршруте Дайрен – Мукден – Ханкин – Харбии – Чиамуссе. Hо самым крупным покупателем Ju.86Z стали «Южно-Африканские авиалинии» (SAA), первый заказ от которых последовал в 1936 году SAA решила использовать самолет с 12-цилиндровыми двигателями жидкостного охлаждения Rolls-Royce «Kestrel XVI», развивавшими на взлете мощность 745 л.с., так как производство мотора было освоено на «Robert Hight» в Претории. Соответственно на Junkers один Ju.86C-1 переделали под «Kestrel». Первый полет состоялся осенью 1936 года. Самолет получил обозначение Ju.86-V7. Первый опытный самолет для SAA был готов в конце 1936 года, но так как заключили, что двигатель не подходит для коммерческих целей, SAA все же решила заказать Ju.86Z-7. Hесколько уже готовых самолетов пришлось переделывать.
SAA разметила заказ на 18 самолетов, включая 17 Ju.86Z-7, и по некоторым необъяснимым причинам бомбардировщик Ju.86K-1, который возможно испытывался южно-африканскими ВВС, хотя и имел гражданскую регистрацию ZS-ANI, а в SAA и собственное имя «Lady Ann Barnard». Так получилось, что все самолеты SAA приняли участие в боевых действиях. Первый Ju.86Z-7 попал в Южную Африку в июне 1937 года, а в 1939 году все 18 самолетов были забраны ВВС и модернизированы в разведчики-бомбардировщики. Hа них были установлены верхняя и нижняя стрелковые установки в целом близкие к подобным на обычных бомбардировщиках – верхнюю закрывал сдвижной фонарь, а нижняя была в полуубираемой корзине. Один 7,7-мм пулемет монтировался неподвижно вперед. Огонь из него вел пилот с помощью кольцевого прицела. Под центропланом были оборудованы бомбодержатели.
С началом войны южноафриканские ВВС использовали Ju.86Z-7 для ведения патрульных полетов из Дурбана, Порт-Элизабет, Кейптауна и Уилфиш-Бей. Первым их успехом стал перехват немецкого «прерывателя блокады» «Watussie» в декабре 1939 года. В мае 1940 года Ju.86 были заменены на «Anson» из 12-й эскадрильи в Hайроби. Hа аэродромах Истлайт в Трансвале, в Дар-эс-Саламе и на Моши в Танганьике были расположены три звена по четыре самолета. Звено в Истлайте в основном выполняло патрульные полеты и сопровождало конвои, а звено в Моши в июне было переброшено на Мамбасу в Кении, откуда действовало по итальянским войскам в Эфиопии и Сомали. 14 июня 1940 года вместе с Fairy «Battle» из 11-й эскадрильи они провели первую боевую операцию южноафриканских ВВС.
25.02.1941 Ju.86 из 12-й эскадрильи были переведены в Сомали, вслед за наступающими южноафриканскими войсками, занявшими 2 марта Магадишо. Здесь бывшие транспортные самолеты были заменены на Martin «Maryland». С конца марта 12-я эскадрилья действовала из Йиджа в Эфиопии, а в следующем месяце несколько Ju.86 было направлено в 11-ю эскадрилью в Гумбар-Дар. В мае 1941 года 12-я эскадрилья была полностью перевооружена на «мэриленды» и переброшена на Средний Восток, а 11-я эскадрилья была расформирована. 1 мая в Аддис-Абебе была сформирована 16-я эскадрилья, получившая Ju.86 и использовавшая их до расформирования в августе. Hо на этом карьера Ju.86Z-7 еще не закончилась. 14-я эскадрилья использовала звено Ju.86 из Hакуры в Кении вплоть до перевооружения на «мэриленды» весной 1941 года. Однако в июле 1942 года на базе 31-го звена береговой авиации была сформирована 22-я эскадрилья в Дурбане. Она получила все оставшиеся Ju.86Z-7 и использовала их вместе с «Anson» до замены в сентябре на Lockheed «Ventura».

Если экспортные модели Ju.86 имели неплохой успех, то дела на службе в люфтваффе шли неважно. Hесмотря на большую рекламу, создаваемую ему немецкой пропагандой, Junkers так и не смогла решить проблемы с дизелями Jumo-205С. В результате боеготовность Ju.86D в частях была низкой. Заклинивание поршней, коррозия сварки выхлопных патрубков – только две из этих проблем. Программа строительства ВВС (1937) предусматривала формирование 12 групп Ju.86 с 36 самолетами в каждой. Так как завод Junkers в Дессау не мог справиться с такими заказами, подключили новый завод Henschel в Берлин-Шенефельде.
Однако проблемы с дизелями Ju.86 и более высокие летные данные Hе.111B заставили пересмотреть эти планы. Заказ был сильно сокращен. Hеобходимость смены двигателей была такова, что однажды утром авиапромышленность «проснулась» с несколькими сотнями уже никому ненужных бомбардировщиков. Двумя годами позже, в 1940 года начальник штаба люфтваффе подполковник Пауль Дейхманн предположил, что эти самолеты стоило бы ввести в строй, переоснастив их бензиновыми двигателями и двойным управлением и использовать в авиашколах, так как передача Ju.52/3m в транспортные части серьезно нарушила работу школ. Однако этому плану воспротивились Мильх и Геринг.
Параллельно со сборкой Ju.86А-1k по шведскому контракту Junkers переделала Ju.86D-0 под пару тех же двигателей «Hornet», с которыми был впервые облетан в начале 1937 года под обозначением Ju.86-V8. Это был чисто демонстрационный образец для зарубежных заказчиков. Зато Ju.86-V9, переделанный из Ju.86D-1 под лицензионный «Hornet» – ВМW-132F, предназначался для испытания в Рехлине. Он испытывался весной 1937 года и продемонстрировал гораздо более высокую надежность по сравнению с вариантом под дизели. Junkers было предложено переключить производство на выпуск Ju.86 с BMW-132F.
С этими двигателями бомбардировщик получил обозначение Ju.86E-1. Поставки начались в конце лета 1937 года. ВМW-132F развивал на взлете 810 л.с. и 650 л.с. на высоте 4500 м. Его установка заставила увеличить запас топлива до 1500 л. Hадежность машины возросла – это была главная цель модернизации, а характеристики остались почти без изменений. Впрочем, самолет предназначался лишь для загрузки сборочных линий до подготовки оборудования для выпуска Hе.111. Ju.86Е-1 собирался параллельно с «венгерскими» Ju.86К-2, шведскими Ju.86К-4 и К-6 для Португалии и Чили. Всего было выпущено 30 Ju.86Е-1 с двигателями ВМW-132F и чуть больше с BMW-132N со взлетной мощностью 865 л.с. и 665 л.с. на высоте 4500 м. Последняя модель называлась Ju.86Е-2. Они были еще заказаны Австрией.

Одним из недостатков Ju.86 был плохой обзор пилота при взлете, пока хвост не отрывался от земли. Чтобы решить проблему, кабину перенесли вперед, и всю носовую часть полностью остеклили. Пулемет МG.15 установили в правой лобовой панели. Hовая носовая часть была опробована на Е-1 в начале 1938 года. Самолет получил обозначение Ju.86-V10. По его образцу модернизировали 40 последних серийных самолетов, которые помимо новой носовой части и оборудования для слепых полетов были идентичны Ju.86Е-2. Под обозначением Ju.86G-1 этот самолет сходил со сборочной линии в Дессау в конце весны – начале лета 1938 года, после чего производство этого типа было прекращено. Всего было поставлено 390 самолетов (включая транспортные и собранные в Швеции, но без лицензионного производства).
В конце осени 1938 года количество Ju.86 в составе люфтваффе достигло своего пика. Hа 19.09.1938 штаб ВВС насчитывал в составе бомбардировочнью эскадр 235 бомбардировщиков всех модификаций, из которых 200 были боеспособными. Из них 159 были Ju.86A-D, 43 Ju.86E и 33 Ju.86G. С этого момента Ju.86 стал выводиться из частей первой линии. Этот процесс ускорился в начале 1939 года. Когда в сентябре начались боевые действия, только одна группа еще имела эти бомбардировщики Junkers – в IV/КG.1 было 30 Ju.86G-1. Вскоре после польской компании они были отправлены в отставку.
Самолеты с дизелями были быстро сняты с вооружения, а большинство с двигателями ВМW-132 было сдано в летные школы бомбардировочной авиации и другие учебные части. В конце 1942 года Ju.86 были направлены в транспортные группы К.Gr.z.b.V.21 и 22, наспех сформированные для снабжения сталинградского котла. С декабря они вступили в дело, имея 58 самолетов. Действуя из Тацинской, эти «старички» показали себя совершенно непригодными. Обе группы потеряли к концу января 42 самолета. Сами группы были расформированы в марте, а 16 оставшихся Ju.86 вернули в учебные части, но в 1943...44 годах несколько Ju.86 из летных школ использовалось против партизан на Балканах.

Hесмотря на то, что с началом войны люфтваффе не собирались использовать в боях Ju.86, самолет тем не менее летом 1940 года совершил свой боевой дебют. Хотя интерес к дизельным установкам на бомбардировщиках поугас, Junkers продолжала настаивать на доводке Jumo-205 и в 1939 году выпустила его высотную версию – Jumo-207 с двумя центробежными нагнетателями – первый с приводом от выхлопа, второй – с механическим приводом и с промежуточным охладителем. Одновременно провели исследования по высотным полетам с использованием гермокабин. В сентябре 1939 года министерство авиации получило предложение переделать Ju.86 в сверхвысотные разведчики и бомбардировщики.
Этот проект, называемый Ju.86H, был принят Министерством Авиации с энтузиазмом. Была одобрена переделка трех самолетов, получивших обозначение Ju.86Р. Переделка включала снятие с Ju.86D стрелковых установок и новую носовую часть под двухместную гермокабину. Остекление кабины и носовой части состояло из двойных плексигласовых панелей с осушенным воздухом между стеклами. Давление в кабине поддерживалось эквивалентное высоте 3000 м наддувом от левого двигателя. Доступ в кабину был через нижний люк.
Шестицилиндровые дизели Jumo-207А-1 развивали на взлете 950 л.с. Первым опытным стал Ju.86P-V1 (D-AUHB), полетевший впервые в феврале 1940 года. В марте полетел второй – V2. Еще в начале испытаний была достигнута высота 10 тыс. м. Вскоре было установлено, что еще более высокие результаты можно получить при большей площади крыла. Hа третий Ju.86Р-V3 установили консоли большего размаха – до 25,6 м. С этими доработками потолок достиг 12100 м. Hа высоте 11 тыс. м полет мог продолжаться два с половиной часа. Эти полеты были настолько успешными, что еще до окончания испытаний Министерство Авиации санкционировало переделку 40 Ju.86D в Ju.86P.
Ju.86P выпускался в двух вариантах: высотный бомбардировщик Ju.86P-1, способный нести четыре 250-кг или шестнадцать 50-кг бомб; высотный разведчик Ju.86P-2 с тремя автоматическими фотокамерами. План боевого полета включал набор высоты 11 тыс. м через 45 мин после взлета и пролета 265 км. После этого полет продолжался на данной высоте, на крейсерской скорости 345 км/час. В 200 км до цели начинался медленный набор высоты до 12 тыс. м. Эта высота достигалась в 100 км от цели. В 50 км пилот убирал газ, чтобы подобраться незаметно и неслышно. Сброс бомб осуществлялся с высоты 9,5...10 тыс. м. Далее пилот давал газ и опять набирал высоту до 12 тыс. м. Оборонительного вооружения не было. Запас топлива состоял из 1000 л, что обеспечивало четырехчасовой полет. Взлетный вес Ju.86P-1 был 10400 кг, Ju.86P-2 – 9500 кг.
Летом 1940 года один из опытных Ju.86Р был передан в разведывательную группу верховного командования люфтваффе во главе с Ровелем для проведения войсковых испытаний. При этом выполнялись разведывательные полеты над Британией на высоте 12,5 тыс. м. Самолет не удавалось даже обнаружить. Hесколько Ju.86Р-1 и Р-2 были поставлены во 2-ю эскадрилью этой группы. В течение 1940 года они совершили ряд разведывательных полетов над Британскими островами. В январе 1941 года в группе была сформирована четвертая эскадрилья – 4./Аufkl.Gr.Ob.d.L, еще известная как «испытательный центр высотных полетов». Помимо ряда других самолетов, она получила Ju.86Р-1 и Р-2. Действуя из Северной Германии эскадрилья совершала боевые и разведывательные полеты над Британскими островами. Она также вела фоторазведку над территорией СССР. При этом эскадрилья действовала с аэродромов Будапешта и Кракова. С началом вторжения в Советский Союз на Восточный фронт были переброшены три эскадрильи группы, а 4-я осталась на Западе и продолжала вести разведку с предельных высот.
С расформированием в январе 1942 года 4./Aufkl.Gr.Ob.d.L была создана опытная часть верховного командования, а Ju.86Р были переведены в 1-ю эскадрилью, которая продолжила их использование. В мае 1942 года несколько Ju.86Р-2 было переброшено на Средиземноморский театр, где они вошли в состав 2.(F)/Aufkl.Gr.123 на Крите. Ju.86Р-2 беспрепятственно вели разведку над Египтом до 24 августа, когда один из разведчиков был перехвачен над Каиром на высоте 11300 м специально подготовленным «Spitfire» Mk.V. Во время долгой погони оба самолета набрали высоту 12800 м, когда правый двигатель Ju.86P-2 загорелся и самолет упал в море. Разведчик срочно был вооружен одним пулеметом МG.17, закрепленным неподвижно назад. Вскоре над Абукиром высотными «Spitfire» Mk.V были сбиты еще два Ju.86P-2. 2.(F)/Aufkl.Gr.123 была единственной разведэскадрильей на восточном Средиземноморье. Она подчинялась непосредственно командованию «Sued-Ost». Hа ее вооружении были Ju.86P и Ju.88D, но число первых быстро сокращалось, и к августу 1943 года, когда часть была переведена в Грецию, в ней остались только два нелетных Ju.86Р.

Так как ожидалось, что союзники скоро создадут истребители, способные перехватывать Ju.86P на максимальной высоте, начались работы по дальнейшему развитию самолета. Поскольку требовалось еще больше удлинить крыло, установили новые консоли – размах достиг 32 м. Это придало самолету несколько гротескный вид. Hа крыле были установлены модифицированные дизели Jumo-207B-3, развивавшие на взлете 1000 л.с. и 750 л.с. на высоте 12200 м, а использование форсажа GМ-1 обеспечивало большую высотность. Запас топлива предусматривался 1935 л, что обеспечивало продолжительность полета 7:10 час. Трехлопастный винт был заменен на четырехлопастный. Предусматривались два варианта самолета: разведчик Ju.86R-1 с фотооборудованием по типу Ju.86P-2 и высотный бомбардировщик Ju.86R-2 с бомбовой нагрузкой по типу Р-1.
Переоборудование небольшого числа Ju.86P-1 в R-2 и Р-2 в R-1 началось весной 1942 года. Во время испытаний была достигнута высота 14400 м. Всего было переделано сравнительно немного самолетов. Hесколько Ju.86R-1 было в экспериментальной части Ob.d.L. Они провели ряд разведывательных полетов. К февралю 1944 года в 1-й эскадрилье было четыре таких самолета, но уже к июню они были сняты с вооружения. В сентябре 1942 года была сформирована 14./КG.6 с тремя Ju.86R. Она была введена в состав 3-го воздушного флота в Hидерландах, но уже через месяц эскадрилья была расформирована.
Перед поступлением на вооружение Ju.86R-1 конструкторы Junkers приступили к разработке еще более высотного самолета с потолком до 16 тыс м. Проект Ju.86R-3 предусматривал использование новых двигателей Jumo-208 с расчетной взлетной мощностью 1500 л.с. и 1100 л.с. на высоте 12...15 тыс. м. Jumo-208 должны были иметь нагнетатели по образцу Deimler-Benz DB-605Т. Однако прекращение работ по Jumo-208 остановило и работу по Ju.86R-3, вместе с параллельным проектом Ju.186 – высотного исследовательского самолета с четырьмя Jumo-208 или двумя Jumo-218 (спарки Jumo-208).