Когда генерал-лейтенант Вальтер Вефер – первый глава штаба ВВС – добился разработки спецификаций на дальний тяжелый бомбардировщик «Uralbomber», он встретился с довольно мощной оппозицией части планового отдела штаба, оспаривавший необходимость такого самолета для только что возрожденных немецких ВВС. Сомнения в этом задании были и в Техническом департаменте министерства авиации, когда он летом 1935 года выдавал заказ на «Uralbomber» Dornier и Junkers. После гибели Вефера вся программа «Uralbomber» была прекращена. Hо Технический департамент протестовал, полагая такое решение близоруким. При этом обращались непосредственно к Герману Герингу, ожидая от него поддержки. Однако Геринг хорошо знал, что вместо двух четырехмоторных бомбардировщиков можно выпустить три двухмоторных, а Гитлер в первую очередь спрашивал с него сколько имеется бомбардировщиков, а не какие они большие. В результате Геринг подтвердил прекращение программы «Uralbomber». Летом 1935 года Dornier и Junkers получили спецификации на дальний тяжелый бомбардировщик и отнюдь не разделяли первоначальных опасений в отношении «Uralbomber». В начале осени было заказано по три опытных самолета, получивших обозначение Do.19 и Ju.89. Hа Junkers работу по Ju.89 вел Эрнст Циндель, широко использовавший опыт, полученный при создании Ju.86. В конструкции использовался дюраль, а для нагруженных узлов хромо-молибденовая сталь. Фюзеляж представлял собой монокок квадратного сечения, усиленный шпангоутами и стрингерами, с эллиптическим гаргротом сверху. Крыло состояло из пяти секций. Центроплан выполнялся за одно целое с фюзеляжем и имел пять лонжеронов. Внутренняя секция консоли имела пять основных и два вспомогательных лонжерона, а внешняя - четыре основных и три вспомогательных. Закрылки были типа «двойного крыла Junkers» и состояли из двух секций. Основные стойки шасси убирались гидравлически в заднюю часть мотогондолы.
Силовая установка состояла либо из четырех двигателей Jumo-211А, либо четырех 12-цилиндровых DB600A жидкостного охлаждения. Предусматривался экипаж из девяти человек: двух пилотов, радиста, бомбардира-бортинженера и пяти стрелков. Оборонительное вооружение состояло из одного пулемета в носовой части фюзеляжа, такого же пулемета в хвостовой установке и пушек в верхней и нижней управляемых гидравлически двухместных башнях. В бомбоотсеке на вертикальной подвеске можно было разместить 16ґ100-кг или 32ґ50-кг бомб.
Первые два опытных самолета – Ju.89-V1 и V2 уже находились в высокой степени готовности, когда 03.06.1936 генерал-лейтенант Вефер погиб в авиакатастрофе. Преждевременная смерть главного сторонника тяжелых бомбардировщиков привела к приходу на его пост Альберта Кессельринга, который выступал против строительства стратегической авиации на данной стадии развития люфтваффе, что шло в ущерб тактической авиации – это стало главной причиной прекращения работ по Ju.89 и его конкуренту Do.19. Тем не менее, настойчивые требования Технического департамента в лице инспектора бомбардировочной авиации генерала Курта Пфлюгбейля позволили продолжить работы над опытными машинами. Одновременно была пересмотрена вся программа «Uralbomber». Циндель испытывал сомнения в возможности продолжения программы «Uralbomber», так как пересмотр требований привел в ноябре 1936 года (всего за несколько недель до первого полета Ju.89-V1) к появлению новых спецификаций к так называемому «бомбардировщику А». В результате главный конструктор сделал запрос на использование узлов Ju.89-V3 для изготовления коммерческого транспортного самолета. Через пять месяцев программа «Uralbomber» была окончательно прекращена.
Ju.89-V1 (D-AFIT) полетел в декабре 1936 года. Он был оснащен четырьмя двигателями Jumo-211A мощностью 1075 л.с. при 2300 мин^–1 и винтами Junkere-Hamilton. Во время испытаний выявилась некоторая курсовая неустойчивость. Поэтому шайбы оперения увеличили по площади. Одновременно под внешними двигателями были установлены дополнительные воздухозаборники. Ju.89-V2 (D-ALAT) приступил к испытаниям в начале 1937 года. Он отличался установкой четырех двигателей DB600A мощностью по 960 л.с. при 2350 мин^–1 и винтами VDM. К этому времени уже начались работы по переделке третьего Ju.89-V3 в транспортный Ju.90. VЗ должен был получить макеты двухместных башен Mauser, и они уже были смонтированы на самолете, когда от Рейхсминистерства Авиации поступило разрешение на использование крыльев, двигателей, шасси и оперения для выпуска Ju.90-V1.
Летные испытания Ju.89-V1 и V2 продолжались до официального прекращения программы 29.04.1937. Оба послужили для испытаний в рамках работы по коммерческому самолету. Летом 1938 года на Ju.89-V1 были установлены два рекорда по поднятию грузов на высоту (5 т на 9318 м и 10 т на 7246 м), хотя утверждалось, что рекорды установлены на Ju.90-V1. Hа самом деле Ju.90-V1 разбился 6 февраля – четырьмя месяцами раньше во время проведения испытаний на флаттер. Для этого в хвостовой части установили вспомогательный двигатель на 400 л.с., приводивший в действие вибратор. Именно потеря управления над ним привела к неуправляемому колебательному режиму и аварии. Позже опытные самолеты были переделаны в транспортные и в таком виде использовались во время высадки в Hорвегии в составе КG.z.b.V.105.