Конструкторское бюро, возглавляемое Яковлевым, в 1942 году предъявило на летные испытания двухмоторный ночной ближний бомбардировщик Як-6. Конструкция этого самолета с убирающимся шасси – деревянная. Крыло площадью 29,6 м² неразъемное двухлонжеронное с деревянным каркасом и полотняной обшивкой. Задняя кромка крыла прямая, передняя – стреловидная. Фюзеляж и оперение также деревянные с фанерной и полотняной обшивкой. Фюзеляж широкий с двумя сиденьями рядом в закрытой кабине; его носовая часть выклеена из шпона, хвостовая часть ферменная, четырех лонжеронная. Фонарь кабины откидной, в левом борту дверь. Шасси – убираемое назад ручным приводом. Оборудование стандартное и кроме того электрооборудование для ночных полетов, приемо-передающая радиостанция и радиополукомпас с питанием от воздушного генератора и аккумулятора.
Самолет сразу проектировался в двух вариантах: транспортном и бомбардировочном. При этом конструкторы стремились сделать его максимально простым в управлении, дешевым в производстве, с минимальным применением дефицитного в годы войны металла. В варианте ночного ближнего бомбардировщика Як-6 имел пять держателей для бомб весом от 50 кг до 250 кг. Всего же он мог брать до полутонны боевой нагрузки. Механический сбрасыватель и прицел находились в пилотской кабине.
Над грузовым отсеком монтировалась шкворневая установка для пулемета ШКАС. Нормальный взлетный вес – 2350 кг. Большая часть самолетов Як-6 строилась в транспортном варианте. Отсек для шести пассажиров или груза помещался за двухместной пилотской кабиной. С запасом топлива в 278 кг дальность полета в этом варианте достигала 580 км. Два двигателя М-11Ф по 140 л.с. позволяли Як-6 развивать скорость до 180 км/час (посадочная – 93 км/час), длина разбега и пробега менее 300 м.
Самолет Як-6М представлял собой усовершенствованный вариант, в результате дальнейшей разработки которого в начале 1944 года поднялся в воздух Як-8. Он был больших размеров, претендовал на роль специализированного транспортного самолета, но серийно не выпускался из-за задержки с более мощными двигателями.