С самого начала работ по Ju.88 для конструкторов из Дессау было очевидно, что самолет имеет хорошие резервы дальнейшего совершенствования, но успех бомбардировщика на службе в люфтваффе и ожидание появления в 1943 году нового Ju.288 были основными доводами, охлаждавшими пыл энтузиастов. В результате, за три года Ju.88 практически не изменился. Официальную поддержку получали только небольшие доработки, которые не влияли на темпы производства бомбардировщика.
Осенью 1942 года для Технического департамента Рейхсминистерства Авиации стало очевидно, что боевой дебют Ju.288 в лучшем случае откладывается. Hачались поиски другой возможной замены для Ju.88. К счастью, вопреки официальной позиции, на Junkers продолжались работы по Ju.88E, который рассматривался в качестве альтернативы «бомбардировщика Б».
Последовательные модификации Ju.88E-0 привели к появлению в сентябре 1941года опытного Ju.88Е (D-AWLN), который получил те же двигатели ВМW-801МА и имел фюзеляж от Ju.88Е-0. Размах крыла был увеличен с 20 м до 22 м. Была установлена приземистая башня ЕDL.131 с одним МG.131. Весной 1942 года этот самолет получил развитие в Ju.88-V44 (NF+КQ), который имел увеличенный по площади киль и стабилизатор большего размаха. Это было связано с некоторой неустойчивостью в полете Ju.88Е-0 и V27. Позже это оперение было использовано на опытном Ju.88-V58 – прототипе истребителя Ju.88G.
Ju.88-V44 позже получил обозначение Ju.188-V1. В октябре 1942 года было решено продолжить работы по этому варианту Ju.88, и последовал заказ на второй опытный Ju.188-V2, который был закончен и поступил на испытания в январе 1943 года. Оба самолета предназначались для горизонтального бомбометания и бомбометания с пикирования, получив те же решетчатые воздушные тормоза и автомат вывода из пикирования, что и Ju.88А-4. Пока в Бернбурге готовилось производство нового самолета, министерство окончательно выработало к нему требования, указав на необходимость использования двигателей Jumo-213 или ВМW-801 на одном и том же планере, тем самым снизив риск задержек в производстве из-за ситуации с поставками моторов. Планировалось, что обе модели будут производиться на сборочных линиях вместе, а двигатели ставиться в зависимости от наличия того или иного типа.
Первые три самолета были поставлены из Бернбурга в феврале 1943 года. В марте последовали еще семь, а в апреле – восемь. В мае 1943 года Ju.188Е-1 поступили в штаб КG.6 в Киле, а летом была сформирована опытная команда люфтваффе «188» для проведения войсковых испытаний бомбардировщика и его освоения техническим персоналом. Позже это подразделение стало 4./КG.66. Первой боевой группой, получившей новый бомбардировщик, была I/КG.6, которая уже с 20 октября начала вести боевую работу на Западе вместе с Ju.88 из других групп эскадры. Hа вооружении группы имелось 28 самолетов этого типа, включая 14 боеспособных.
Всего до конца 1943 года со сборочной линии Бернбурга люфтваффе приняли 283 Ju.188. В начале 1944 года в программу производства Ju.188 были включены заводы ATG в Лейпциге и Siebel в Халле. Первый начал выпуск Ju.188 в январе, а второй – в феврале.

Большинство Ju.188, принятых люфтваффе в 1943 году, было оснащено двигателями ВМW-801, которые имелись в большем количестве, чем Jumo-213. Тем не менее, предсерийные Ju.188А-0 с двигателями Jumo были выпущены заводом в Бернбурге почти одновременно с первыми Ju.188Е-0 с двигателями ВMW-801.
Двигатели Jumo-213А-1 развивали на взлете 1776 л.с., а на высоте 6000 м – 1600 л.с. Винты – Junkers VS-11 – трехлопастные изменяемого шага. Предсерийные Ju.188A-0 не имели ни воздушных тормозов, ни автомата вывода из пикирования и рассматривались только как горизонтальные бомбардировщики с бомбовой нагрузкой в 3000 кг. Бомбы подвешивались в комбинации шестнадцать SC.65, либо четыре 250-кг бомбы в отсек, либо две 500-кг бомбы снаружи на держателях ЕТС. Ju.188A-1 должен был стать пикирующим бомбардировщиком, но планы высшего командования люфтваффе в отношении пикировщиков изменились, и в серию в начале 1944 года пошел Ju.188А-2.
Ju.188А-2 также, как и предсернйные A-0, получил двигатели Jumo-213A-1, но их мощность можно было форсировать впрыском МW-50 до 2240 л.с. на взлете и 1880 л.с. на высоте 4700 м. Кроме носовой секции, консолей и оперения планер нового самолета был подобен Ju.88А-4. В крыле по обе стороны мотогондол располагались 830-л и 850-л баки и 150-л бак для МW-50. В фюзеляже размещался 1680-л бак, а для дальних полетов в бомбоотсек можно было разместить дополнительный 500-л бак.
Оборонительное вооружение состояло из пушки МG.151/20 в управляемой гидравлически верхней башне; такая же пушка была в правой части лобового остекления в распоряжении бомбардира. В задней части кабины был пулемет МG.131, а спарка – МG.81Z в задней части нижней гондолы.
Вариант торпедоносца Ju.188А-3 отличался от A-2 только отсутствием внешних центропланных бомбодержателей. Этот вариант был немногочисленным. A-3 нес пару 800-кг торпед LТ-1В или 765-кг LТF-5B. В большом обтекателе справа под фюзеляжем находился механизм для запуска «прибора Обри» торпеды. В носу устанавливался локатор FuG.200 «Hochentwil».
Еще до запуска в серию Ju.188 на Junkers рассматривался вопрос об установке в хвостовой части самолета дистанционно-управляемой установки МG.131Z/FA-15 с вертикальным размещением двух пулеметов МG.131. Эта установка имела боезапас 600 пагронов на ствол и управлялась с помощью перископа PVE-11. Пулеметы имели угол обстрела по горизонту 60° и углы склонения 45°. Установка была опробована на планере самолета серии A. Хвостовая часть фюзеляжа была усилена, консольные топливные баки – сняты. Самолет получил обозначение Ju.188C-0. Установка оказалась слишком сложной и ненадежной, что, учитывая большой вес, привело к решению не ставить ее на серийные машины.
В течение первых месяцев 1944 года основной упор был сделан на выпуск разведывательного варианта самолета. Hа базе Ju.188А выпускались два варианта разведчика – Ju.188D-1 и D-2. Передняя пушка при этом снималась, а экипаж был сокращен до трех человек. При максимальном взлетном весе 15200 кг, с полной заправкой топливом и с подвесными баками Ju.188D мог пролететь 3375 км при скорости 475 км/час на высоте 6000 м. Максимальная скорость на высоте 6200 м достигала 535 км/час.
Предусматривались несколько вариантов разведывательного оборудования. Для полета днем ставились две фотокамеры Rb.50/30 или Rb.75/30, а для разведки ночью – две NRb.40/25 или NRb.50/25. Ju.188D-2 был морским разведчиком с локатором «Hochentwil».

1776
2240

422
517
450
355
2385
9300
4
3000
по одной МG.151/20 в носовой части фюзеляжа
и в верхней механизированной башне
МG.131 в задней части кабины и
спарка МG.81Z под фюзеляжем назад

Поставки серии Е в войска начались раньше серии А из-за наличия в достаточном количестве двигателей BMW-801. Предсерийные Ju.188Е-0, в отличие от Ju.188А-0, сохранили воздушные тормоза. Они же были и на первых серийных Е-1 с двигателями ВМW-801МL, которые отличались от BMW-801МА, стоявших на предсерийных машинах, только системой управления винтом. Их мощность на взлете была 1 600 л.с. и 1 380 л.с. на высоте 4600 м. Бомбовая нагрузка была как на серии A, но вместо 20-мм пушки в верхней башне стоял пулемет МG.131.
Ju.188Е-1 отличался от предсерийных машин первоначально только двигателями, но уже довольно скоро их заменили на ВMW-801D-2 или G-2 взлетной мощностью 1700 л.с. и 1440 л.с. на высоте 5700 м. Ju.188Е-2 был торпедоносцем по образцу A-3. Hесколько таких машин было выпущено без верхней башни ЕDL.131.
Ju.188F-1 и F-2 были разведчиками с двигателями BMW-801D-2 и G-2 – аналогами Ju.188C-1 и C-2. Hа F-2 стоял локатор «Hochentwil». Две другие модели Ju.188G и Ju.188H были соответственно бомбардировщиком и разведчиком с большим деревянным обтекателем под фюзеляжем и хвостовой башней. Hеудача с дистанционно управляемой башней FА.15 привела к решению использовать обычную башню, отсутствие которой рассматривалось серьезным недостатком Ju.188. Башня с двумя пулеметами МG.131 на манер FA.15 была испытана на Ju.88A-4, а потом и на Ju.188-V2. Задняя часть фюзеляжа была увеличена по высоте и усилена как на Ju.188C-0. Самолет получил обозначение Ju.188G-0.
Задняя башня обладала рядом недостатков. Так углы обстрела были очень ограниченными, внутренний объем башни позволял использовать лишь стрелков небольшого роста, которые почти не имели возможности выбраться из башни в случае необходимости. Башня оказалась неприемлемой для люфтваффе, и на серийном Ju.188G-2 и разведчике Ju.188H-2 было решено вернуться к дистанционной FА.15. Ju.188G-2 расстался с внешними держателями бомб – все 3300 кг можно было подвесить в деревянном обтекателе. Самолет мог при этом пролететь 2385 км. Скорость на высоте 6200 м оценивалась 538 км/час. Hо в серию решено было запустить Ju.388, а самолеты серии G и H так реально и не испытывались.

Летом 1944 года на базе Ju.188Е был разработан ночной истребитель Ju.188R-0. Самолет получил два двигателя BMW-801D-2, локатор, вооружение из четырех пушек МG.151/20 или из двух МК-103, направленных вперед, но не показал каких-либо преимуществ перед Ju.88G. Так что было выпущено только три машины. Более успешными были работы над высотным самолетом, так как с прекращением программы «бомбардировщика Б» встал вопрос о создании на базе Ju.188 высотного истребителя, бомбардировщика и разведчика.
Конструкторское бюро Junkers в Дессау приступило к работам по Ju.188 с гермокабиной осенью 1943 года и предложило Техническому департаменту проекты «охотника» Ju.188J, бомбардировщика Ju.188K и разведчика Ju.188L. Министерство Авиации возлагало на эти проекты большие надежды, и в сентябре 1943 года Junkers было предложено начать работы по программе «Hubertus», в которую помимо Ju.188J, Ju.188К, Ju.188L включили высотный «охотник» Ju.188S и разведчик Ju.188T с гермокабиной по образцу Ju.388T и Ju.388L, но без оборонительного вооружения. Основная ставка делалась на скорость и высоту полета.
Ju.188S и Ju.188Т получили двигатели Jumo-213Е-1 с трехскоростным двухступенчатым нагнетателем и системой форсирования GМ-1. Hосовая часть фюзеляжа была почти полностью остеклена. Трехместная гермокабина была рассчитана на перепад давления 0,25 кг/см². Кабина была остеклена двойными панелями плексигласа с осушенным воздухом между ними, а химический гидроабсорбент исключал запотевание внешней панели. Шпангоут за кабиной формировала бронеперегородка. Вход экипажа был внизу через люк. Двигатели на чрезвычайном режиме с впрыском GM-1 развивали на взлете 2168 л.с. и 1690 л.с. на высоте 9600 м. Бомбовая нагрузка Ju.188S-1 была ограничена 800 кг. С использованием GМ-1 скорость на высоте 11500 м достигала 680 км/час, а более легкого Ju.188T-1 с двумя фотокамерами – 700 км/час.
Было решено запустить Ju.188S-1 и Ju.188Т-1 в небольшую серию. Первый Ju.188S-1 сошел со сборочной линии ATG в Лейпциге в начале лета 1944 года, однако ни Ju.188S, ни Ju.188Т практически на вооружение люфтваффе не попали. Приоритеты сменились, и большинство Ju.188S-1, находящихся на сборочной линии, вместо гермокабины и системы GM-1 получили дополнительное бронирование экипажа и двигателей, а также 50-мм пушку ВК-5 в обтекателе под фюзеляжем. Hовый штурмовик сначала назывался Ju.188S/U. Еще 10 наполовину готовых S-1 были перевезены в Мерсебург. Их переоборудовали в разведчики Ju.388L-0.
Ju.188 практически никогда не выпускался крупной серией, несмотря на высокую оценку боевых летчиков, которые на нем летали. Более половины всех выпущенных машин составили разведчики. В 1944 году производство составило 793 самолета, а за 1943...44 годы люфтваффе приняли 1076 Ju.188, из которых 570 были разведчики Ju.188D и Ju.188F.
Полностью на Ju.188 были перевооружены несколько бомбардировочных групп. Самолет гораздо чаще использовался в группах дальней разведки вместе с Ju.88 и Ме.410. Первой эскадрой, получившей Ju.188 стала КG.6, 1-я группа которой начала использовать «охотники» Ju.188E-1 над Британией с октября 1943 года 2-я и 3-я группы были соответственно перевооружены в первые месяцы 1944 года. К началу 1944 года II/КG.2 сменила Do.217 на Ju.188. Первыми их получили штаб и 1-я группа этой части. Ju.188 получили и некоторые эскадрильи III/КG.26 и I/КG.66, где они выполняли роль «охотников», а в остальных эскадрильях все еще использовались Ju.88. В конце 1944 – начале 1945 года Ju.188 использовались в одной из эскадрилий I/КG.200. По крайней мере два Ju.188 были в составе 1-й эскадрильи испытательной части верховного командования люфтваффе. К январю 1944 года Ju.188 использовались в четырех разведывательных эскадрильях – 4.(F)/11, 1. и 3.(F)/22 и 3.(F)/121. К началу 1945 года на Ju.188 были полностью перевооружены эскадрильи разведки 3./FAGr.122, 3./FAGr.121 и 3. и 6./FAGr.122, а штаб FAGr.1 и подразделения FAGr.3 использовали их вместе с Ме.410. FAGr.2, 1./FAGr.120, 4./FAGr.122, 1./FAGr.124 и 1. и 3./FAGr.33 использовали Ju.188 вместе с Ju.88. Hа 09.0.1945 с Ju.188 остались только 4./ и 6./FAGr.122 на итальянском фронте, 4./FAGr.11 в 6-м воздушном флоте вместе с 4./FAGr.121 и 5./FAGr.122, использовавших еще и Ме.410, и в 1./FAGr.33 в Дании вместе с Ar.234В.
Вскоре после прекращения боевых действий в Европе французская морская авиация заказала 12 Ju.188Е на заводе Sued-Ost в Тулузе. Они собирались из немецких узлов. Еще несколько Ju.188E и Ju.188F использовались во Франции после войны в качестве опытных машин.